Desa Bukit Kratai sebelumnya bernama Pajajaran adalah Desa Eks Transimigrasi yang Penduduknya datang dari beberapa Daerah Pulau Jawa, dan terdiri dari beberapa Etnis. Desa Bukit Kratai pada mulanya adalah berasal dari hutan kawasan Negeri Kampar pada tahun 1980 Oleh Menteri Transimigrasi di Buka Lokasi Transimigrasi Swakarsa Mandiri (TSM) Dibidang Perkebunan Kelapa sawit Pola Bapak Angkat dengan berkerja sama dengan PTPN V mulai penanaman pada tahun 1986, Kemudian pada tahun 1990 Lokasi permukiman dan Fasilitas Umum sudah siap untuk digunakan. Kemudian masuk pada tahap Perpindahan Penduduk dari Pulau jawa dengan Kuota 80% dan 20%  Penduduk Tempatan dengan jumlah 410 Kartu Keluarga(KK) dan 1.240 Jiwa.

Pada tahun 1992 kepala Desa dijabat oleh KUPT , Kemudian Pada tahun 1997 desa Bukit kratai di Defitifikan menjadi Sebuah desa Dengan nama Desa Bukit kratai.

Tahun (1992-1996) Edy Agustian Sebagai KUPT

Tahun (1996-2001) Karnoto (Pj,Kepala Desa) dan Nasripan sebagai sekdes

Tahun (2001-2008) Abdullah dan Nasripan sebagai sekdes

Tahun (2009-2010) Muchlisin dan Edy Haryanto sebagai sekdes

Tahun (2011-2012) Ahmad Rifa'i (Pj Kepala Desa )

Tahun (2013-2015) Musliadi (Pj Kepala Desa) dan Ahmad Rifa'i Sebagai Sekdes

Tahun ( 2016-2021 ) Zainuddin Pakhpahan ( Kepala Desa) dan M Abdul Jabar sebagai Sekdes

Tahun ( 2021-sekarang) Supriamuji,SP ( kepala Desa ) dan M Abdul Sebagai Sekdes